หลักฐานแต่ละชิ้นที่ทางผู้พิทักษ์สันติราษฎ์รวบรวมได้จากหลายสถานที่ ล้วนมีความเกี่ยวข้องถึงแผนประทุษกรรมนายเอกยุทธ อัญชันบุตร ได้อย่างน่าสนใจ แม้เจ้าหน้าที่ตำรวจจะระบุว่าเหตุจูงใจในการสังหารครั้งนี้ เพื่อปล้นทรัพย์ แต่จากหลักฐานที่เกิดเหตุ พบว่ามีหลักฐานในหลายจุด และมีหลายข้อสงสัย
ภาพของรถโฟล์คตู้สีดำ ที่นายสันติภาพ เพ็งด้วง ถอยรถเข้ามาจากปากซอยประมาณ 50 เมตร ทั้งที่หน้าร้านมีพื้นที่กลับรถ และยังรออยู่ใกล้ๆรถ นานกว่า 2 ชั่วโมง กว่าที่นายเอกยุทธ อัญชันบุตรจะทานอาหารเสร็จ และเดินมาขึ้นรถ ซึ่งเป็น ภาพสุดท้ายที่นายเอกยุทธ หายตัวไป และยังแสดงถึงพิรุธ ที่คาดว่าน่าจะมีกลุ่มโจรซ่อนตัวอยู่ที่หน้ารถ และนี่จึงเป็นจุดเริ่มต้นของแผนประทุษกรรม
จากสภาพศพของนายเอกยุทธ อัญชันบุตร ที่ขุดพบที่จังหวัดพัทลุง โดยเชื่อว่า นายเอกยุทธเสียชีวิตมาแล้วไม่ต่ำกว่า 5 วัน แม้จะเริ่มเน่าแล้ว แต่การตรวจทดลองลายนิ้วมือ ก็ยังสามารถสืบสวนได้ว่าเป็นของผู้ตายจริง โดยมีรอยของการบีบรัดที่ลำคอ ซึ่งอาจมาจากเชือกรองเท้า หรือสาบเสื้อของผู้ตาย เพราะพบเศษกระดุมเสื้ออยู่ 3 เม็ด อยู่ในดินที่ฝังศพ และยังมีร่องรอยที่ข้อมือ ซึ่งสอดคล้องกับคำให้การของผู้ต้องหา
ยังมีรอยช้ำจากข้อเท้าซ้ายของศพ ที่คาดว่าเกิดจากการที่ผู้ตายพยายามวิ่งหนี และกระโดดลงจากรถบริเวณสะพานกลับรถย่านลาดกระบัง ขณะออกจากสนามบินสุวรรณภูมิกลับไปที่บ้านพี่สาวผู้ต้องหา
ส่วนรองเท้าหนังที่เปื้อนโคลน ของนายสันติภาพ เพ็งด้วง ที่ใช้ให้เด็กในปั้มน้ำมัน ในจังหวัดสมุทรสงคราม นำไปทิ้งถังขยะ ก็กลายเป็นอีกหลักฐานที่ตำรวจจะนำเศษดินที่รองเท้ามาเปรียบเทียบกับดินที่พบศพ
และอีกปมสงสัยก็คือ สภาพของศพที่เปลือยเปล่า เอกยุทธ อัญชันบุตร ทางตำรวจระบุว่าเป็นความตั้งใจในการปิดบังศพ เพราะเมื่อปล่อยทิ้งไว้ 5-6 ปี ร่างก็จะย่อยสลายไปจนหมด ทำให้การตรวจพิสูจน์ทำได้ยากขึ้น เพราะหากมีเสื้อผ้าติดอยู่ด้วย ญาติอาจจดจำได้ ซึ่งวิธีการเช่นนี้ ตำรวจตั้งข้อสันนิษฐานว่าลำพังเพียงพนักงานขับรถ กับพวก ที่ต้องการชิงทรัพย์ ไม่น่าจะวางแผนได้อย่างถี่ถ้วนและรัดกุมเช่นนี้